病理组织学和/或细胞学检查是肝癌的诊断金标准的依据，但是在进行病理学诊断时仍然必须重视与临床证据相结合，全面了解患者的HBV/HCV感染情况、血清AFP和其他肿瘤标志物的检测结果以及肝占位的影像学特征等情况。目前，基于基因组学、蛋白组学和代谢酶学等现代分子生物学新技术的检查手段正在建立和应用，将具有更高的特异性和准确性，并可能有助于预测肿瘤对治疗反应、转移复发倾向以及预后。在病理诊断时,应明确以下三种主要病理类型以及注意到其他少见类型癌：

1.肝细胞癌(HCC)：占原发性肝癌的90％以上，是最常见的一种病理类型。

(1)大体分型：可分为结节型，巨块型和弥漫型;也可以参考中国肝癌病理研究协作组1977年制定的“五大型六亚型”分类。对瘤体直径<1cm称为微小癌，1-3>10cm称为巨块型肝癌，而全肝散在分布小癌灶(类似肝硬化结节)称为弥漫型肝癌。目前，我国的小肝癌标准是：单个癌结节最大直径≤3cm ;多个癌结节数目不超过2个，其最大直径总和≤3cm。小肝癌除了体积小，多以单结节性、膨胀性生长为主，与周围肝组织的分界清楚或有包膜形成，具有生长较慢、恶性程度较低、发生转移的可能性小以及预后较好等特点。

(2)组织学特点：以梁索状排列为主，癌细胞呈多边形，细胞质嗜酸性，细胞核圆形，梁索之间衬覆血窦，也可出现多种细胞学和组织学上的特殊类型，若出现假腺管结构可类似肝内胆管癌和转移性腺癌，需要注意鉴别。癌细胞的分化程度，可以采用经典的Edmondson-Steiner肝癌四级分级法，或分为好、中、差三级。

(3)代表性免疫组化标志物：肝细胞抗原(Hep Par1)示细胞质阳性，多克隆性癌胚抗原(pCEA)示细胞膜毛细胆管阳性，CD34示肝窦微血管弥漫性分布，磷脂酰肌醇蛋白-3 (GPC-3)通常在HCC癌细胞的细胞质内表达。对于小病灶的肝活检组织病理学检查,应由经验丰富的病理学家实施和评估;可以进行GPC-3，热休克蛋白70 (HSP)和谷氨酰胺合成酶(GS)染色，如3项中有2项阳性可以诊断为HCC。

2.肝内胆管癌(ICC)：较少见，起源于胆管二级分支以远肝内胆管上皮细胞，一般仅占原发性肝癌的5％。

(1)大体分型：可分为结节型、管周浸润型、结节浸润型和管内生长型。

(2)组织学特点：以腺癌结构为主，癌细胞排列成类似胆管的腺腔状，但腺腔内无胆汁却分泌黏液。癌细胞呈立方形或低柱状，细胞质淡染，胞浆透明，纤维间质丰富，即癌细胞周围含有较多的纤维组织。也可出现多种细胞学和组织学上的特殊类型，若出现梁索状排列可类似肝细胞癌，需要注意鉴别。癌细胞分化程度可分为好、中、差三级。

(3)代表性的标志物：免疫组化检查细胞角蛋白19(CK19)和粘糖蛋白-1(MUC-1)，可显示细胞质阳性。

3.混合型肝癌：即HCC-ICC混合型肝癌，比较少见，在一个肝肿瘤结节内，同时存在HCC和ICC两种成分，二者混杂分布，界限不清，分别表达各自的免疫组化标志物。

4. 其他类型。原发性肝癌中还有些少见类型肝癌，如透明细胞型、巨细胞型、硬化型和肝纤维板层癌(fibrolamellar carcinoma of liver，FLC)等。其中，FLC为HCC的一种特殊和少见的组织学亚型;其特点是多见于35岁以下的年轻患者,通常没有乙型肝炎病毒感染及肝硬变背景,恶性程度较HCC低,且肿瘤常较局限,因此本病通常可有手术切除的机会,预后较好。肿瘤大多位于肝左叶，常为单个，境界清晰，边缘呈扇形质地硬，剖面见纤维间隔横贯瘤体;镜下可见：瘤细胞呈巢团状，部分呈相互吻合的瘤细胞索，周围有致密的纤维组织呈板层样包绕，瘤细胞较大，呈立方形或多角形，胞浆丰富，呈强嗜酸性，核仁明显，瘤组织内血窦丰富。

5.病理报告的主要内容。肝癌的病理报告强调规范化和标准化。内容应包括肿瘤大小和数目、生长方式、病理分型、血管癌栓、组织学类型、分化程度、包膜侵犯、卫星灶、手术切缘、癌旁肝组织(慢性肝炎的病理分级与分期以及肝硬化的类型)、免疫组化以及分子病理学指标等。此外，还可附有与肝癌药物靶向治疗、生物学行为以及判断预后等相关的分子标志物的检测结果，提供临床参考.

肝癌诊断的方式本身就有很多的选择，还有就是可以通过病理学和影像学不同的技术来诊断检查，每一种的诊断的依据是有变化的，还有就是要有一定的数据，经验为理论，结合多种情况的统一分析。